黃鱔產卵在其穴居的洞口附近，產卵前口答吐泡沫堆成巢，受精卵在泡沫中借助泡沫的浮力，在水面上發育，雌雄魚都有護巢的習性。黃鱔每年只繁殖一次，在每年的 4 一 8 月，盛期為 5 一 6 月。其產卵周期較長。黃鱔的繁殖季節到來之前，親鱔先打繁殖洞。

一般洞打在田埂邊，洞口通常開于田埂的隱蔽處，洞口下緣 2 /3浸于水中，分前洞和后洞。前洞產卵，洞長 10 厘米處比較寬闊，上下高約 5 厘米左右，寬約 10 厘米。后洞則細長，作隱蔽棲身。在較大的水體中或在不方便打洞的水域，親鱔尋找茂密的水草、水草根、瓦礫、石縫等可隱蔽的物體做巢。

自然性比與配偶構成 黃鱔生殖群體在整個生殖時期是雌多于雄。其中2月份雌鱔占 91.3 % ，從 6一8 月雌鱔產過卵后性腺逐漸逆轉，到9月份雌鱔逐漸減少到 38.3 % ， 10一12 月雌、雄鱔大約各占50％。在秋、冬季節，人們捕獲黃鱔捉大留小，因此開春后仍是雌多雄少。

黃鱔的繁殖，多數屬于子代與親代配對，也有與前兩代雄鱔配對。但在沒有雄鱔存在的情況下，同批黃鱔中就有少部分雌鱔逆轉為雄鱔后，再與同批雌鱔繁殖后代，這是黃鱔有別于其他動物的特殊之處。