阿吉是自殺死的。這么多年過去了，從阿吉幫邱處理車之后，生活上應該一直受到邱的照顧。所以在男主要發現“肇事者是邱”時，邱安排了阿吉的死來抵擋。鏡頭先是阿吉約男主，隨后給了邱，如果不是邱安排的話，他當時并不知道阿吉要向告密，并不能在男主之前趕到殺死阿吉，偽裝自殺。《目擊者之追兇》的特點在于在劇情上設置了多重反轉，正如導演所說，兇手留給觀眾自己去判斷。

另一個特點在于電影并不是按照事件發展順序去進行的。你跟著鏡頭去尋找兇手，但是所有人都要為受害人負責，即便這個受害者本身也是一個兇手。當我看到男主噙著淚水燒掉那張支票，我覺得那一刻他是善良的，但那也并不能洗刷掉他身負的罪孽。主線劇情就是圍繞著男主小齊是如何通過調查以及跟蹤，一步步接近九年前一樁車禍以及和車禍有關的一宗不了了之的綁架案的真相。

電影開頭，小齊（莊凱勛飾）作為一名報社記者，在高速路上碰巧遇到一場車禍，作為當事人的立委和嫩模昏迷不醒，他隨即拍下照片并編輯好新聞，然后發給自己的上司Maggie（許瑋甯飾）。在回報社的路上自己也遭遇一場車禍，新車寶馬小紅被嚴重撞毀。小齊的好友阿吉幫他檢查了車況，告知小齊買的并非新車，而是一輛明顯改裝過的中古車。小齊憑著自己和警局的關系，請求警局的王組長幫忙調查車輛信息。

此時，小齊也拿到了警局的車輛信息，他發現這輛車涉及的正是九年前自己目擊到的一場車禍。他通過報社的系統，查詢到當年車禍相關的案件情況：肇事司機仍未歸案，受害者男已死亡，另一名女性在住院期間失蹤，下落不明。此外，車禍前幾天，發生了一件女童綁架案，且在車禍后的一個月內仍然沒有結案。