結局1：柯南成功的摧毀了黑衣組織。這是絕大多數柯南迷們心中猜想的結局。為什么會是這樣的猜想？從柯南的一開始是獨立一個人在跟黑衣組織戰斗，可隨著劇情的發展，如今的結局已經是不同了。柯南漸漸的由一個人，慢慢的變成了一個團體，再慢慢的由一個團體逐漸的發展成為一個集團。只是你沒有注意到罷了。

少年偵探團、灰原哀的加入，不僅是如此，隨著劇情的發展，還有著日本警方、FBI、CIA等等相繼成為了柯南的助力。而柯南也從一開始的名偵探，變成了上天入地無所不能的超人。柯南的身后的勢力也在不斷的壯大！所以說，柯南最后的結局成功摧毀了黑衣組織是非常大可能的事情。拿到解藥成功變回工藤新一也是再自然不過的事情。當然是新蘭永恒啦！

結局2：這一切都不過是在工藤新一在做夢！來給大家開個腦洞！想必大家非常清楚工藤新一一開始是被黑衣人敲暈的吧？并且給新一喂了莫名其妙的藥。那么問題來了，也許這一切的一切，正是從那個敲暈、那個藥開始了。被敲暈后的工藤新一變成的植物人，長睡不醒。可是新一的腦子并沒有出現什么事情，變成植物人的新一并沒有意識到自己已經成為了一名植物人。

接下來的一切的一切，全是新一自己的幻想！幻想自己變小了！在自己的世界里幻想那名黑衣人其背后有一位很強大的組織！幻想自己在跟自己幻想出來的東西，斗智斗勇！幻想自己是名兒童超級英雄，帶領著一群小屁孩完成了推翻黑暗組織，幻想自己能夠與世界各大集團能夠并肩。工藤新一在自己的幻想世界里，盡情的幻想自己有多么厲害、多么無敵。

結局3：繼續帶大家開個腦洞！其實工藤新一才是這個黑衣組織真正的首腦，那天工藤新一與自己的青梅竹馬毛利蘭悠閑的去了游樂園玩樂，其實在這暗地里里保護這自己的組織進行交易，無奈那群沒用的手下為了貪污省錢，竟然招聘了臨時工，正當我努力為自己的手下觀察其交易的對象是否有問題是，那個臨時工竟然從背后一棍子敲了下來，然后又喂錯了我要藥，那可是我出巨資研發出來的回春藥啊！沒想到在我的身上發生了異常反應，我的身體細胞組織莫名的融合縮小。

又因為那個臨時工那棍子敲的實在太狠了，等我醒過來的時候，我已經失去了一部分記憶了。失去記憶的我，一直在悄悄的打探這個黑衣組織（黑衣組織并沒有發現自己boss變小這個事實），打算揭露這個黑衣組織！沒錯，這個結局就是柯南與自己的組織斗智斗勇的故事，真相就是這么扯淡。