朱元璋的墓并沒有被挖。從1997年起，文物專家用高科技手段對朱元璋的孝陵進行了長達6年的考古勘探，最終證實孝陵在歷史上確實沒有被盜掘過，所以內部設施至今保存完好。對于這種情況，民間有人說是朱元璋的殺氣太重，所以盜墓賊只能敬而遠之，生怕會遭到朱元璋的報復。這種迷信的說法當然不足為信，事實上，明孝陵不被盜掘，是由多方面的因素共同決定的。

孝陵內部設置了鵝卵石防盜機關。如果盜墓賊挖開一個洞，鵝卵石就會從四面八方滾落下來，將洞填滿，盜墓賊不但無法進入，還有可能被鵝卵石砸死。孝陵結構異常復雜，內部彎彎曲曲的細道猶如迷宮一般，盜墓賊即使僥幸進入，也很有可能會迷失在地宮深處。

孝陵在建設時橫向鑿入山體，從內部掏空大山，建設地宮，使得盜墓賊無法從頂部或下方打盜洞進入，只能從唯一的墓道進入地宮。而墓道卻被工匠們采用特殊的方法隱藏起來了，考古人員用精密儀器測定出它不在地宮中間的位置，而是偏在一邊，那些沒有儀器襄助的盜墓賊想要找到墓道，只能是癡人說夢。

除了孝陵本身難以進入外，歷朝歷代的保護工作也是做得非常到位。在明代，有駐軍專門守護陵墓，人數超過五千人。滿清入關后，為了籠絡漢民族，清廷也是積極保護明孝陵，在順治年間就開始派專人守孝陵，還讓僧人對外墻破損部分進行修繕。康熙皇帝在陵前立了“治隆唐宋”的石碑，也相當于一塊保護牌子，再不開眼的盜墓賊見此碑也不敢輕舉妄動。清宣統元年，為了保護孝陵，清相關主體還豎起了告示碑，告誡世界各國游客不要在孝陵亂涂亂畫。

在當代，孝陵更是重點保護對象，南京市文物部門曾投資300多萬元對局部坍塌的墻體進行了維修，此后更是開展了多項保護工程。現在，孝陵大數據監測預警平臺也已經啟動，孝陵的安全更是得到了全方位的保護。