白鼠、小白鼠屬嚙齒目，家兔屬兔形目，它們的食性不同，所以在消化系統方面，兩者的齒式、胃、膽囊、胰管、盲腸等都有區別。其他各系統都很相似。值得指出的是兩者的生殖系統基本上是相同的，但跟其他多數哺乳動物不同。如雄性個體的腹股溝管（鼠鼷管）終生開放，所以睪丸只在生殖期才降入陰囊。

大白鼠的泄殖系統跟小白鼠的一樣也包括泌尿器官、生殖器官兩部分。泌尿器官是一對暗紅色的豆狀腎，內側凹入叫腎門，各伸出一條白色的輸尿管都進入膀胱。膀胱是一個可伸縮的半透明囊，它的基部兩側接受一對輸尿管運來的尿。它基部后方則通入尿道并通向體外。它的生殖器官雌雄各異。先粗略地在外形上鑒別雌雄。可明顯看到、尿道和陰門三個孔，體表明顯有6的是雌性。

生殖孔距離較大，只有2個孔的是雄性。雄性，睪丸是一對白色豆狀物，生殖期降入陰囊，不在生殖期經腹股溝管（即鼠鼷管）縮入腹腔，睪丸尾端有副睪，從副睪伸出白色輸精管經膀胱后方進入陰通到體外，在輸精管、膀胱交界的腹面有一對雞冠狀的精囊腺。雌性，在腎上方有紫黃色帶顆粒狀突起的腺體是卵巢，其外側各有一條細輸卵管。近卵巢處有喇叭口開口于腹腔，輸卵管下方膨大成，兩側結合成“V”字形，各自開口，通體外。

觀察大白鼠的消化系統用解剖刀深切咬肌，并用骨剪剪開口角，用力把下頜往后拉，使口腔充分暴露，可以觀察到它共有4枚鑿狀的門齒和左右各3對臼齒。舌基部后方是咽，向下漸細。用鑷子提起氣管，看到后面是肉質食管，上連咽部，下跟胃中部的賁門相連。胃的彎曲不顯著（兔的顯著），胃前有較發達的兩層口袋狀的大網膜（兔不發達），左側賁門部胃壁薄，呈灰白色，半透明狀，右側幽門部壁厚，血管多呈紅灰色。胃下有條狀的脾。