阿伊努人的外貌與大和族人截然不同，他們眉突出，頭發稠密，眼圓而深陷，睫毛長而分歧，鼻垂直，臉和全身多毛，明顯具有歐羅巴人種的特征。由于他們能夠生產一種以繩子花紋紋飾外表的陶器，因此也被日本考古學者稱為繩文人。

繩文人雖然輝煌一時，但由于處于孤島上技術難以交流和發展。逐漸被東北地區的漢人、高麗人、蒙古人、馬來人、印度尼西亞人所驅逐，向北方退去，后者成為了構成今天日本人的主體民族，大和族。而前者一支僅存少數人，殘居于日本北方。歷史上，大和族曾經給他們起過很多名字，毛人、熊夷。在明治時代之后，他們被，在北海道北部沿海地區生活著一個少數民族，那就是阿伊努族，目前在日本唯一被官方承認的原住民。

目前，純種阿伊努人已經十分稀少，日本官方統計阿伊努族人口為2.5萬人，非官方統計為20萬人，相比于人口上億的大和民族，可謂微乎其微。但由于長期的通婚，這支歐羅巴人種的基因已經混入了日本人的血脈中。所以我們經常能見到很多日本明星在相貌上有歐洲人的影子。

日本土著體毛多，但沒有鷹鉤鼻，反而考古資料是闊鼻厚嘴唇，太平洋尼格羅特征說的形象點，日本現在殘存的阿伊努人可能相對那些已經在本州消失的土著算北方人還有有可能是混入了一點阿爾泰血統的“北方人”，較為純正的阿伊努人可能相比今天的阿伊努人身材更為矮小，更多一些低緯度地區人群的特征。