伊能靜的干爸爸是誰不清楚，不過她的父母離異，母親改嫁給一個日本人，就改名叫伊能靜江，取藝名縮減為：伊能靜。1969年3月，伊能靜出生中國臺北，是家里的第七個女兒。生父吳敏給她取了一個名字叫吳靜怡。她的母親楊淑婉是著名政治家楊元丁之女。

伊能靜的父親是個軍人，很早前從山東到了臺灣，他覺得將來從臺灣回老家山東一定要帶一個兒子。所以當發現第七個孩子，也就是伊能靜是個女兒的時候，而伊能靜的媽媽不能再生，他選擇離開伊能靜母女。伊能靜從小就有一個罪惡感，她覺得自己不應該來到這個世界上。

她來到這個世界上只會給媽媽帶來無盡的痛苦。所以伊能靜稍懂人事時就發誓要當家里的長子，她要讓爸爸知道，這個女兒跟兒子一樣強。所以無論是走上演藝之路，還是處理婚姻大事，她一直在證明這件事情，努力地做好一個男人應該做的事情。

很長時間，伊能靜跟她的媽媽非常疏離，因為很小她就出來工作，也一直是伊能靜賺錢養活一大家人。當她打電話給媽媽的時候，第一次親近地但迫不及待地問：“媽，你可不可以告訴我，你跟爸爸發生了什么事情？”伊能靜的媽媽，是很典型的中國傳統婦女，一直幾乎都是逆來順受的習慣，這時候自責地說：“是我不好，是我不對，我生不出兒子來。然后呢，爸爸離開了，爸爸是對的。”

后來，伊能靜的媽媽說了一個故事：“在你長大以后，我拿了當時的30萬臺幣要去買你爸爸在外面生的一個兒子。當我敲了那個女人的家門，那個女人正好抱著那個孩子，不屑一顧地說‘你生不出兒子來你就別想了吧’。我回到家里，哭了一個晚上。”

伊能靜曾說：“可怕的攻擊不是來自于父權社會建立的這個信仰，而是來自于女人對女人自己的懲罰。女人自己會攻擊女人說你生不出兒子，你今天沒有為家庭犧牲奉獻。這才是最可怕的。所以當2002年，伊能靜與庾澄慶生下第一個孩子，也就是兒子哈利的時候，她流淚了，終于可以告訴母親：“我生的是兒子。”如今，伊能靜二胎產女，看起來非常漂亮，兒女雙全，也可以說是非常幸福了。