關于慈禧的死因，當時御醫給出的說法是因為上了年紀而正常病逝，畢竟古代活到七十多歲已經是很不容易的一件事情，在這個年齡病逝實在是很正常的事情。也因為類似的原因，很長一段時間以來，大家都認為慈禧是正常病逝的。

然而，等到十九世紀六十年代時，有一個宮女在回憶錄中卻揭露了慈禧死亡的真實原因。這位宮女，據說是大太監李蓮英的表姐。眾所周知，李蓮英是慈禧最信賴的人，所以李蓮英的這位表姐，由此得以成為貼身伺候慈禧的宮女，并深得慈禧的信任。

當時這位宮女回憶說，慈禧死亡的真正原因，是因為慢性中毒，因為太醫們在給慈禧檢查身體時，發現其體內存在一些毒性物質，只不過為避免不必要的是非，所以太醫們并沒有說出來，而是把這件事隱藏起來，并對外宣稱慈禧是正常病逝。

專家們對慈禧的尸骨進行了檢測，發現其體內確實存在一些毒性物質，不過這些有毒物質不能算是毒藥；再后來專家們通過查閱清朝留下來的各種記載文獻，發現慈禧七十三歲的時候，患上了比較嚴重的痢疾，也就是拉肚子。

雖然拉肚子這個事情不算什么特別嚴重的病，問題是，一方面古代的醫療條件有限，另一方面當時是慈禧的年齡又太大，身體不是很好，所以這個病情一直靠喝藥維持，并沒有徹底治愈，慈禧也一直受到這個病痛的折磨，身體越來越虛弱。