朱元璋陵墓在明孝陵地宮內。明太祖洪武大帝朱元璋和馬皇后的陵寢，坐落于現在的南京玄武區紫金山南麓獨龍阜的明孝陵，距今超過六百年的歷史。相傳獨龍阜風水極佳，南朝梁代的名僧寶志禪師便安葬于此，這塊寶地只能興旺一人。于是朱元璋將寶志禪師的墓遷走。明孝陵始建于洪武十四年，永樂三年才正式竣工，歷時整整25年，陵墓亭臺樓閣全都具備，掩映于松柏常青之間，陵園整體結構是依山為陵，寓意天圓地方。

當年在陵園中還放羊了千余頭鹿，每一頭鹿的項下都掛著銀牌，上書“盜宰者抵死”的字樣。為了保護陵園不受侵害，明代列位皇帝還在這里駐扎一萬多人專門用來看護陵園的軍士。

明孝陵歷經多次戰火洗禮，尤其是在清代中期的太平天國戰爭中，明孝陵很多地表建筑都被同為漢族的太平軍毀壞殆盡，只有部分石雕和磚石建筑得以幸存。后來的兩江總督曾國藩也曾奉旨祭拜明孝陵，但因經費需要20萬兩，實在撥不出前，就用了七八百兩紋銀對明孝陵簡單修繕。

有趣的是明孝陵雖是朱元璋的陵寢，但很長一段時間，沒人能夠確定朱洪武的地宮位置在哪里。而且傳說中，朱元璋下葬時，13個城門同時出殯，讓人真假難辨，所以洪武大帝的埋骨處，一直都是眾說紛紜。直到1998年，南京當地的文物保護專家們利用現代的科技手段，精密磁測儀器勘驗明孝陵，用了整整六年時間，耗費了無數心血，才解決了困擾人們600年的謎團。朱洪武的地宮在獨龍阜地下幾十米的深處，而且保存完好，沒有出現被盜挖盜掘的跡象。